1. 药物
  2. 神经科学
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scavr是一种基于转录组的管道,用于单细胞分辨率的工程化AAVs的定量排名

  1. 舱底E Ozturk
  2. 莫莉E约翰逊
  3. 迈克尔Kleyman
  4. Serhan Turunc
  5. 经他
  6. 莎拉Jabalameli
  7. 周环西
  8. Meike visel.
  9. Valériel dufour.
  10. Simone Iwabe.
  11. Felipe Pompeo Marinho.
  12. Gustavo D Aguirre
  13. Jose-Alain荒漠草原
  14. David V Schaffer.
  15. andreas r pfenning.
  16. 约翰·弗兰纳利
  17. 威廉一个Beltran)
  18. 威廉r Stauffer.
  19. Leah C Byrne. 是一个通讯作者
  1. 美国匹兹堡大学
  2. 美国卡耐基梅隆大学
  3. 加利福尼亚大学,伯克利,美国
  4. 美国宾夕法尼亚大学
js金沙官网登入
引用这篇文章金沙官网注册网址作为:eLife 2021; 10: e64175 doi:10.7554 / eLife.64175

摘要

背景:

腺相关病毒(AAV)介导的基因治疗正在迅速发展到临床,而AAV工程已经导致了运载治疗基因能力增强的载体。虽然媒介的选择至关重要,但aav的定量比较,特别是在大型动物中,仍然具有挑战性。

方法:

在这里,我们开发了一个高效的单细胞AAV工程管道(scavenger),以同时量化和排序在同一动物中所有细胞类型的竞争AAV载体的效率。

结果:

为了证明scavenger工作流程的概念,我们用细胞类型分辨率对自然发生和新工程的AAVs介导玻璃体内注射后灵长类视网膜基因表达的能力进行了量化。使用该管道识别的一种性能最好的变体K912被用于传递SaCas9并编辑猕猴视网膜中的视紫红质基因,其编辑效率与scavar工作流检测到的感染率相似。然后使用scavenger在小鼠脑、心脏和肝脏系统注射后识别表现最好的AAV变异。

结论:

这些结果将Scaavengr验证为AAV向量的开发的强大方法。

资助:

该工作得到了福特基金会,Nei / NIH,预防失明,基础对抗失明,UPMC免疫移植和治疗中心,以及犬遗传研究的范兹基金基金会的资金支持。

数据可用性

数据,包括计数矩阵文件,原始fastq文件以及AAV/细胞条形码表从读取量化生成,已上传到GEO,加入代码为GSE161645。

生成以下数据集

金沙官网注册网址文章和作者信息

作者详细信息

  1. 舱底E Ozturk

    匹兹堡,匹兹堡,匹兹堡大学眼科博士学位
    利益争夺
    没有宣布任何相互竞争的利益。
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000 - 0001 - 5117 - 077 - x
  2. 莫莉E约翰逊

    匹兹堡,匹兹堡,匹兹堡大学眼科博士学位
    利益争夺
    没有宣布任何相互竞争的利益。
  3. 迈克尔Kleyman

    计算生物学,卡耐基梅隆大学,美国匹兹堡
    利益争夺
    没有宣布任何相互竞争的利益。
  4. Serhan Turunc

    匹兹堡,匹兹堡,匹兹堡大学眼科博士学位
    利益争夺
    没有宣布任何相互竞争的利益。
  5. 经他

    神经生物学,匹兹堡大学,美国匹兹堡
    利益争夺
    没有宣布任何相互竞争的利益。
  6. 莎拉Jabalameli

    匹兹堡,匹兹堡,匹兹堡大学眼科博士学位
    利益争夺
    没有宣布任何相互竞争的利益。
  7. 周环西

    匹兹堡,匹兹堡,匹兹堡大学眼科博士学位
    利益争夺
    没有宣布任何相互竞争的利益。
  8. Meike visel.

    海伦将为美国伯克利伯克利伯克利大学的神经科学研究所
    利益争夺
    Meike visel,MV是AAV Capsid变体上的发明者(美国专利ID:10,214,785,10,745,453)。MV还收到了UC Berkeley的版税支付。作者没有其他竞争利益申报..
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0002-5033-3730
  9. Valériel dufour.

    美国费城,宾夕法尼亚大学临床科学与先进医学系,实验视网膜治疗部
    利益争夺
    没有宣布任何相互竞争的利益。
  10. Simone Iwabe.

    美国费城,宾夕法尼亚大学临床科学与先进医学系
    利益争夺
    没有宣布任何相互竞争的利益。
  11. Felipe Pompeo Marinho.

    美国费城,宾夕法尼亚大学临床科学与先进医学系,实验视网膜治疗部
    利益争夺
    没有宣布任何相互竞争的利益。
  12. Gustavo D Aguirre

    美国费城,宾夕法尼亚大学临床科学与先进医学系,实验视网膜治疗部
    利益争夺
    没有宣布任何相互竞争的利益。
  13. Jose-Alain荒漠草原

    神经生物学,匹兹堡大学,美国匹兹堡
    利益争夺
    José-Alain Sahel, JAS担任Pixium Vision、GenSight Biologics和SparingVision的顾问(不收取咨询费)。个人财务兴趣:Pixium Vision, GenSight Biologics, prophet and Chronolife, SparingVision, SHARPEYE, Vegavect, Newsight Therapeutics。作者没有其他竞争利益申报..
  14. David V Schaffer.

    加州大学伯克利分校化学工程学系,伯克利,美国
    利益争夺
    David V Schaffer, DS是AAV衣壳变种专利申请的发明者(美国专利申请号16/315,032,16/486,681)。DS也是4D Molecular Therapeutics的联合创始人,在这家公司做咨询并拥有股票期权。作者没有其他竞争利益申报..
  15. andreas r pfenning.

    计算生物学,卡耐基梅隆大学,美国匹兹堡
    利益争夺
    Andreas R Pfenning,AP已从罗德岛大学获得酬金,并申请了特定的核心锚定独立标签系统的专利(PCT / US2020 / 038520和PCT / US2020 / 038528)。作者没有其他竞争利益申报..
  16. 约翰·弗兰纳利

    加州大学伯克利分校分子与细胞生物学系,伯克利,美国
    利益争夺
    John G Flannery, JGF是AAV衣壳变种专利申请的发明者(美国专利申请号16/315,032,16/486,681)。作者没有其他竞争利益申报..
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0002-0720-8897
  17. 威廉一个Beltran)

    美国费城,宾夕法尼亚大学临床科学与先进医学系
    利益争夺
    WAB是威廉,WAB是AAV Capsid变体上专利申请的发明者(16/315,032)。作者没有其他竞争利益申报..
  18. 威廉r Stauffer.

    神经生物学,匹兹堡大学,美国匹兹堡
    利益争夺
    William R Stauffer, WRS在AAV衣壳开发方法专利申请的发明者(PCT/US2019/068489)。作者没有其他竞争利益申报..
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0003-1031-8824
  19. Leah C Byrne.

    匹兹堡大学,宾夕法尼亚州匹兹堡,美国
    对于通信
    lctbyrne@gmail.com
    利益争夺
    Leah C Byrne, LB是AAV衣壳变体和AAV筛选方法专利申请的发明者(美国专利申请号16/315,032,16/486,681,PCT/US2019/068489)。LB是Vedere Therapeutics的aav介导基因疗法顾问,也是Vegavect和Newsight Therapeutics的命名创始人。作者没有其他竞争利益申报..
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0002-3229-4993

资金

福特基金会

  • Leah C Byrne.

UPMC免疫移植和治疗中心

  • Leah C Byrne.

Van Sloun犬类遗传研究基金

  • Gustavo D Aguirre

国家眼科研究所(F32EY023891)

  • Leah C Byrne.

国家眼学院(R24EY-022012)

  • David V Schaffer.
  • 约翰·弗兰纳利
  • 威廉一个Beltran)

国家眼科研究所(R01EY017549)

  • Gustavo D Aguirre
  • 威廉一个Beltran)

国家眼学院(P30EY001583)

  • Gustavo D Aguirre
  • 威廉一个Beltran)

国家心理健康研究所(UG3MH120094)

  • andreas r pfenning.
  • 威廉一个Beltran)
  • Leah C Byrne.

国家心理健康研究所(DP2MH113095)

  • 威廉r Stauffer.

预防失明的研究

  • Leah C Byrne.

基金会战斗失明

  • Leah C Byrne.

资助者在研究设计,数据收集和解释中没有作用,或决定提交出版物的工作。

道德

动物实验:所有程序符合ARVO声明,用于使用宾夕法尼亚州大学机构动物护理和使用委员会(IACUC#803813)的批准的犬研究。NHP和鼠标研究与匹兹堡大学机构动物护理和使用委员会(IACUC#18042326)的批准。

审核编辑

  1. 布兰登·K·哈维,NIDA/NIH,美国

出版历史

  1. 收稿日期:2020年10月20日
  2. 录用日期:2021年10月11日
  3. 已发布的稿件:2021年10月19日(版本1)

版权

©2021,Öztürk等。

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  1. 进一步阅读

进一步阅读

    1. 细胞生物学
    2. 药物
    Richard Nakamura等。
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    背景:已提出将审查人员对申请人身份进行蒙蔽审查,以减少同行评审中的偏见。

    方法:这项实验测试使用了1200份NIH拨款申请,400份来自黑人研究人员,400份来自白人研究人员的匹配申请,以及400份来自白人研究人员的随机选择申请。申请通过邮件以标准和修订的格式进行审查。

    结果:重新加工减少,但没有消除,审阅者正确猜测身份的特征。主要的,预先注册分析假设匹配应用中的调查员竞争的重新分析的差异效果。一组次要分析(未预先注册)使用来自白色科学家的随机选择的应用程序并测试了相同的交互。两种分析都揭示了类似的效果:白色调查人员的标准格式应用比来自黑色调查人员的标准格式申请得好。重新加法将差异的大小减少约一半(例如,来自Cohen的D.在匹配的应用中为0.20 - 0.10);审查导致白人科学家的申请分数下降,但对黑人科学家的申请分数没有影响。

    结论:对于这种模式,赠款撰写考虑和光环效应被认为是相互矛盾的解释。这些发现支持进一步评估同行评审模型,以减少申请人身份的影响。

    资助:资金由美国国立卫生研究院提供。

    1. 药物
    2. 微生物学与传染病
    nguyen lam Vuong等。
    js金沙官网登入 更新

    背景:

    重症登革热患者的早期识别对于患者管理和资源配置非常重要。我们研究了10个生物标志物(VCAM-1、SDC-1、Ang-2、IL-8、IP-10、IL-1RA、sCD163、sTREM-1、铁蛋白、CRP)与重/中度登革热(S/MD)的关系。

    方法:

    我们进行了一项来自多国研究的嵌套病例对照研究。共纳入281例S/MD和556例无并发症登革热病例。

    结果:

    在症状出现后的1-3天,任何生物标志物水平的升高都会增加S/MD的风险。联合评估时,SDC-1和IL-1RA稳定,IP-10由阳性变为阴性;其他人则表现出较弱的关联性。与S/MD相关的最佳组合包括儿童的IL-1RA、Ang-2、IL-8、铁蛋白、IP-10和SDC-1,成人的SDC-1、IL-8、铁蛋白、sTREM-1、IL-1RA、IP-10和sCD163。

    结论:

    我们的发现有助于开发用于临床的生物标志物面板,并可以改进登革热患者的分类和风险预测。

    资助:

    这项研究得到了欧盟第七框架计划(FP7-281803 IDAMS)、世界卫生组织以及比尔和梅林达·盖茨基金会的支持。