1. 计算和系统生物学
  2. 遗传学和基因组学
下载图标

在老鼠的光感受器中,信息含量区分了增强子和沉默子

js金沙官网登入
  • 引用0
  • 视图31
  • 注释
引用本文金沙官网注册网址为:eLife 2021; 10: e67403 doi:10.7554 / Elife.67403

抽象的

增强剂和消声器通常取决于相同的转录因子(TFS),并在TF结合或染色质状态的基因组测定中融合。为了识别区分增强剂和消化剂的序列特征,我们测定了由小鼠视网膜中的感光体TF CRX靶向的基因组序列的大规模平行报告文库。增强器和消声器均多包含比非活动序列更多的TF主题,而是相对于消声器,增强器包含来自更多样化的TFS收集的图案。我们开发了一种信息内容的衡量标准,描述了一个序列中图案的数量和多样性,并且发现增强器和消声器依赖于CRX主题,增强器具有更高的信息内容。信息内容以区分由相同的TF针对的增强器和消音器的信息内容的能力说明了图案上下文如何确定活动独联体- 调节序列。

数据可用性

PJK01和PJK03质粒已沉积含有丙烯(IDS 173489,173490)。RAW测序数据和条形码计数已上传到RACASITION GSE165812下的NCBI GEO数据库。所有处理的活动数据,预测的占用和信息内容值都可用于补充材料。在Https://github.com/barakcohenlab/crx-information-content的Github上提供了数据处理,分析和可视化的所有代码。

生成了以下数据集
使用了以下以前发表的数据集

金沙官网注册网址文章和作者信息

作者详情

  1. 瑞安Z弗里德曼

    Edison Gearome Systements和Systems生物学中心,以及华盛顿大学医学院的遗传学系,美国圣路易斯
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    orcid图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0001-9013-8676
  2. David M基粒

    基因组科学和系统生物学中心,华盛顿大学医学院,圣路易斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  3. 康妮迈尔斯

    美国圣路易斯华盛顿大学医学院病理与免疫学系
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  4. Joseph C Corbo.

    美国圣路易斯华盛顿大学医学院病理与免疫学系
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    orcid图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0002-9323-7140
  5. 巴拉克是科恩

    基因组科学和系统生物学中心,华盛顿大学医学院,圣路易斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    orcid图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0002-3350-2715
  6. 迈克尔一个白色的

    Edison Gearome Systements和Systems生物学中心,以及华盛顿大学医学院的遗传学系,美国圣路易斯
    为对应
    mawhite@wustl.edu
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    orcid图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0001-8511-6026

资金

美国国立卫生研究院(F31HG011431)

  • 瑞安Z弗里德曼

国家卫生研究院(R01GM121755)

  • 迈克尔一个白色的

国家健康研究院(R01EY027784)

  • 巴拉克是科恩

国家健康研究院(EY025196)

  • Joseph C Corbo.

国家健康研究院(EY03075)

  • Joseph C Corbo.

资助方没有参与研究设计、数据收集和解释,也没有决定是否将研究提交出版。

道德

动物实验:本研究严格按照国家卫生研究院的照顾和使用实验室动物指南中的建议进行。所有的动物都根据协议#A-3381-01,由St. Louis批准的华盛顿大学使用委员会批准。根据美国兽医医疗协会关于安乐死的建议进行小鼠的安乐死。在实验程序期间,采取适当措施使动物对动物的疼痛和不适进行最小化。

检查编辑器

  1. Naama Barkai,魏茨曼科学研究所,以色列

出版的历史

  1. 收稿日期:2021年2月9日
  2. 接受:2021年9月3日
  3. 接受的手稿发表:9月6日,2021年(版本1)

版权

©2021,Friedman等人。

本文根据条金沙官网注册网址款分发知识共享署名许可协议在注明原作者和出处的前提下,允许无限制地使用和再发行。

指标

  • 31
    浏览次数
  • 6
    下载
  • 0
    引用

金沙官网注册网址文章引用计数由以下来源的最高计数轮询产生:Crossrefpmed中央Scopus.

下载链接

两部分链接列表,以各种格式下载文章或部分文章。金沙官网注册网址

下载(链接将文章下载为PDF)金沙官网注册网址

下载引用(链接以与各种参考管理器工具兼容的格式从本文下载引用)金沙官网注册网址

开放引文(在各种在线参考管理器服务中从本文中打开引用的链接)金沙官网注册网址

进一步的阅读

    1. 癌症生物学
    2. 计算和系统生物学
    凯文胡等。
    js金沙官网登入

    在癌症中,端粒维护对于改性不朽的发展至关重要。利用来自癌症细胞系的基因组序列和癌症项目中药物敏感性的基因组学,我们计算了1,299个癌细胞系中的端粒含量。我们发现端粒酶逆转录酶()的表达与肺、中枢神经系统和白血病细胞系的端粒含量相关。利用CRISPR/Cas9筛选数据,我们发现端粒含量较低与CST端粒维持基因的依赖性有关。对shelterin成员依赖性的增加与野生型有关TP53的地位。研究的表观遗传调节,我们发现在启动子野生型环境中广泛的等位基因特异性表达。启动子突变细胞系在prc2抑制区域表现出低甲基化,提示端粒酶激活过程中存在一种合作的全局表观遗传状态。通过将端粒内容与基因组特征整合到全面特征的细胞系中,我们进一步深入了解端粒调控在癌症永生中的作用。

    1. 计算和系统生物学
    Christopher P Mancuso等。
    js金沙官网登入

    环境障碍长期以来一直在于在塑造生态系统的多样性和构成方面发挥重要作用。然而,无法指定干扰的特征实验产生了多样性扰动关系的不一致图片(DDR)。这里,使用高通量可编程培养系统,我们使土壤衍生的细菌群体进行稀释具有不同强度(平均稀释率)的扰动曲线,不断地或具有不同频率的波动。在没有波动的情况下,观察了社区多样性和干扰强度之间意外的U形关系。添加波动增加了社区多样性并擦除了U形。我们的所有结果都是由Monod消费者资源模型拍摄的,这也解释了U形DDR如何通过新颖的“利基翻转”机制出现。广泛地,我们的合并实验和建模框架表明了环境干扰的不同特征如何以复杂的方式互动,以管理生态系统组装,并提供重塑微生物组成的策略。