1. 遗传学和基因组学
  2. 神经科学
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平行功能测试确定增强因子活跃于出生后早期的小鼠大脑

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  • 注释
引用这篇文章金沙官网注册网址为:eLife 2021; 10: e69479 doi:10.7554 / eLife.69479

摘要

增强子是顺式调控元件,在调节发育转录程序和驱动细胞类型特异性和背景依赖性基因表达的大脑中发挥关键的调节作用。大规模并行报告基因检测(MPRAs)的发展使高通量功能性筛选候选DNA序列增强子活性成为可能。组织筛选在活的有机体内大规模增强子功能有可能极大地扩展我们对非编码序列在发育、进化和疾病中的作用的理解。在这里,我们采用了一种自转录调控元件MPRA策略,通过重组腺相关病毒(rAAV)传递到出生后早期的小鼠大脑。我们确定并验证了推定增强子能够驱动小鼠前脑报告基因表达,包括内含子内的调控元件CACNA1C神经精神障碍遗传研究中连锁不平衡阻滞与风险相关成对筛选和单一增强在活的有机体内正如我们在这里展示的,功能测试代表了一种强大的方法,用于描述增强子的调节活动,并了解增强子序列如何在大脑中组织基因表达。

数据可用性

所有补充信息,包括原始和处理数据的链接,都可以在Nord实验室资源页面(https://nordlab.faculty.ucdavis.edu/resources/)找到。软件可以在Nord Lab Git Repository (https://github.com/NordNeurogenomicsLab/)和https://github.com/NordNeurogenomicsLab/Publications/tree/master/Lambert_eLIFE_2021找到。测序数据已保存在GEO中,加入代码为GSE172058。

生成了以下数据集
使用了以下以前发表的数据集
    1. 表观基因学财团
    (2013) 路线图合并峰值数据集
    gsm530651, gsm595913, gsm595920, gsm595922, gsm595923, gsm595926, gsm595928, gsm806934, gsm806939, gsm621457, gsm706999, gsm806935, gsm621427, gsm707000, gsm806936, gsm621393, gsm707001, gsm806937, gsm621410, gsm707002, gsm806938。

金沙官网注册网址文章和作者信息

作者详细信息

  1. 杰森T兰伯特

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  2. 琳达Su-Feher

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  3. 卡罗尔Cichewicz

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0001-5926-3663
  4. 特雷西·L·沃伦

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0001-5125-0868
  5. Iva Zdilar

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0002-0080-3132
  6. Yurong王

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  7. 肯尼斯·J Lim

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  8. 杰西卡·L黑格

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0002-9518-4003
  9. 莎拉·J莫尔斯

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  10. 塞萨尔P -卡纳莱斯

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0003-2505-8367
  11. 泰勒W Stradleigh

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  12. Erika卡斯蒂略帕拉西奥斯

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  13. 维多利亚Haghani

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0002-3700-4027
  14. 斯宾塞D苔藓

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  15. 汉娜Parolini

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  16. 戴安娜Quintero

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  17. Diwash Shrestha

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  18. 丹尼尔·沃格特

    美国大急流城密歇根州立大学儿科和人类发展学系
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  19. 利亚C伯恩

    匹兹堡大学,美国匹兹堡
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  20. 亚历克斯年代北方

    加州大学戴维斯分校,戴维斯,美国
    为对应
    asnord@ucdavis.edu
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0003-4259-7514

资金

国家卫生研究院(R35GM119831)

  • 杰森T兰伯特

国立卫生研究院(T32-GM008799)

  • 琳达Su-Feher

资助方没有参与研究设计、数据收集和解释,也没有决定是否将研究提交出版。

道德

动物实验:所有步骤都按照ARVO关于在眼科和视力研究中使用动物的声明进行,并得到了加州大学动物护理和使用委员会的批准(AUP #R200-0913BC)。手术是在麻醉下进行的,并尽一切努力减少痛苦。

检查编辑器

  1. 吉纳维芙·科诺普卡,德克萨斯大学西南医学中心,美国

出版的历史

  1. 收稿日期:2021年4月19日
  2. 录用日期:2021年10月2日
  3. 接受的手稿发表:2021年10月4日(版本1)

版权

©2021,Lambert等。

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进一步的阅读

    1. 遗传学和基因组学
    2. 医学
    Emanuela Abiusi等。
    js金沙官网登入 更新

    背景:

    脊髓性肌肉萎缩(SMA)是一种以第二运动神经元变性为特征的神经肌肉疾病。表型从非常严重到非常轻微。所有患者均为纯合子性缺失SMN1基因和数量可变的SMN2(一般2-4份),与严重程度成反比。现有治疗方法的惊人结果使人们迫切需要预后生物标志物来预测患者的病情发展轨迹。除了SMN2到目前为止,很少有其他生物标志物被评估,包括一些miRs。

    方法:

    我们对患者和对照组的肌肉样本(14例活检和9例培养)进行了完整的miRNome分析。在51例患者和37例对照组的血清样本中评估肌肉差异表达miRs的水平,并进行整合SMN2册,SMN2血液和年龄的全长转录水平(sma评分)。

    结果:

    SMA肌肉中有100多个miRs差异表达;其中3个(hsa-miR-181a-5p, -324-5p, -451a;SMA-miRs)在患者血清中显著上调。sma评分预测的严重程度与临床分级的相关系数为0.87 (p<10)-5).

    结论:

    miRNome分析表明骨骼肌是SMA发病的主要因素。SMA-miRs可能在血流中积极释放;它们的功能和靶细胞需要阐明。sma评分的准确性需要在重复研究中得到验证:如果得到证实,它的应用可能对常规预后评估至关重要,对症状前患者也是如此。

    资助:

    意大利Telethon (grant #GGP12116)。

    1. 遗传学和基因组学
    2. 植物生物学
    劳拉Arribas-Hernández等。
    js金沙官网登入

    通过基因调控N6-methyladenosine (m6A) mRNA中包含识别m的rna结合蛋白6A通过YT521-B同源(YTH)域。植物YTH结构域蛋白ECT2和ECT3在器官发生过程中刺激细胞增殖的基因冗余,但关于它们的作用模式的几个基本问题仍然不清楚。在这里,我们使用HyperTRIBE (rna结合蛋白的靶标,通过编辑确定)来显示大多数ECT2和ECT3靶标重叠,只有少数两个蛋白优先靶向的例子。不同突变背景下的HyperTRIBE也提供了两种蛋白的冗余和特异性靶相互作用的直接视图。我们还发现,与以往报道的结论相反,ECT2没有在细胞核内积聚。因此,失活的ECT2,ECT3和他们的代理ECT4不改变ECT2/3靶mrna的聚腺苷酸化位点选择模式,但会导致靶mrna稳态积累降低。此外,mRNA和microRNA的表达谱显示了应激反应激活的迹象ect2 / ect3 / ect4突变体,可能是通过间接影响。因此,先前关于通过ECT2控制选择性多聚腺苷酸化的建议没有证据支持,而且ECT2和ECT3在很大程度上冗余地调节细胞质中的靶mRNA,包括其丰度。