1. 遗传学和基因组学
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反转录转座子的序列特征允许表观遗传变异

  1. R凯文·科斯特洛
  2. 艾米梁
  3. 候选材料Trac
  4. 迈克尔•李
  5. Mudaser Basam
  6. 安德鲁J Popsilik
  7. 达斯汀·E周末 是通讯作者
  1. 贝克曼研究所,美国
  2. 美国范安德尔研究所
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  • 注释
引用这篇文章金沙官网注册网址为:eLife 2021; 10: e71104 doi:10.7554 / eLife.71104

摘要

转座因子(TEs)是构成哺乳动物基因组很大一部分的可移动遗传因子。虽然选择的te在宿主基因组中已被选择具有功能,但这些元件中的大多数在体细胞中由于DNA甲基化而表观遗传沉默。然而,小鼠体内的一些te,包括反转录转座子的胞内a粒子(IAP)亚家族,已经显示出DNA甲基化的个体间变异。金沙官网注册网址最近的研究表明,IAP序列差异和菌株特异性KRAB锌指蛋白(KZFPs)可能影响这些IAP的甲基化状态。然而,DNA甲基化个体间变异的建立和维持机制仍不清楚。在这里,我们报告了序列内容和基因组背景影响iap变得可变甲基化的可能性。不同于一致的IAP序列的IAP改变了KZFP的募集,当组成表达基因接近时,可能导致KAP1募集减少。这些不同的甲基化位点具有很高的CpG密度,类似于CpG岛,并可以被ZF-CxxC蛋白结合,提供了一种潜在的机制来维持这种允许的染色质环境和保护DNA甲基化。这些观察表明,不同甲基化的IAPs通过KZFP结合的衰减和ZF-CxxC蛋白的识别来逃脱沉默,维持低甲基化状态。

数据可用性

本研究生成的所有数据集已按照加入代码GSE176176提交给GEO。

生成了以下数据集
使用了以下以前发表的数据集

金沙官网注册网址文章和作者信息

作者详细信息

  1. R凯文·科斯特洛

    贝克曼研究所,杜阿尔特,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  2. 艾米梁

    贝克曼研究所,杜阿尔特,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  3. 候选材料Trac

    贝克曼研究所,杜阿尔特,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  4. 迈克尔•李

    贝克曼研究所,杜阿尔特,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  5. Mudaser Basam

    贝克曼研究所,杜阿尔特,美国
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  6. 安德鲁J Popsilik

    美国大急流城范安德尔研究所
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
  7. 达斯汀·E周末

    贝克曼研究所,杜阿尔特,美国
    为对应
    dschones@coh.org
    相互竞争的利益
    作者宣称不存在相互竞争的利益。
    ORCID图标 "此ORCID iD标识本文作者:"金沙官网注册网址0000-0001-7692-8583

资金

美国国立卫生研究院

  • 达斯汀·E周末

国家卫生研究院(R01CA220693)

  • 达斯汀·E周末

资助方没有参与研究设计、数据收集和解释,也没有决定是否将研究提交出版。

道德

动物实验:所有动物实验规程都符合德国和联合王国的立法;项目许可号80/2098、80/2497和35-9185.81/G-10/94。

检查编辑器

  1. Deborah Bourc'his,居里研究所,法国

出版的历史

  1. 收稿日期:2021年6月9日
  2. 录用日期:2021年10月20日
  3. 接受的手稿发表:2021年10月20日(版本1)

版权

©2021,Costello等。

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